Excelのファイルを閉じる際に空のExcelが開いてしまうという現象が発生するということがあるようです。
最初は、同時に開いている資産管理ソフトのマクロが悪さをしているのかと思ったのですが、マイクロソフトのバグのようでした。
エクスプローラーで「プレビューウィンドウ」を表示している環境では、対象Excelファイルの内容を表示するために内部でExcelを起動しています。この状態でExcelファイルを開きます。この状態でExcelを閉じるとこの現象が起こるようです。
Windows 10の場合: