ClickOnceはすごく便利な機能です。特に企業で(向けの)アプリケーションを作成している方には、非常に有益な機能だと思います。詳細はマイクロソフトのページに書かれていますし、＠ITでも連載が始まったのでそちらを参考にしてください。

簡単に言うと、ClickOnceはユーザが使用するアプリケーションを、最新の状態に維持してくれる機能です。 もちろん、不具合が発生したときにはロールバックも可能ですし、インストールしなくてもWEBアプリの様にインストールせずに使用することも可能だと言うことです。

ClickOnceで思い違いをしていたことがありまして、MSCのデモで起動時にClickOnceでバージョンアップ、ロールバックをしていたので、てっきり「起動時にチェックする機能なのだ」と思いこんでいました。
工場のようにずーっと起動中のシステムですと、バージョンアップの機会が無いので、入力画面などですと「登録」ボタンなどで、バージョンチェックして強制終了かけて再起動かけてもらうかするか、と思っていました。
できれば、APIでアプリケーション実行中にClickOnceの機能が呼び出しできて自身を更新できればいいなとも思っていました。

実はできたんですね。先ほどのマイクロソフトの「ClickOnce によるクライアント アプリケーションの配置の紹介」ページにて以下のように記載されていました。

アプリケーションの更新
更新には配置オプションと同様の柔軟性があります。(アプリケーションの開始時など)特定の時点に更新できます。また、アプリケーション開発者が適切な更新APIを呼び出すことを選択したときはいつでも更新できます。特定の更新が必須であることを指定し、ユーザーが利用可能な更新を無視できないようにすることも可能です。稼動中の更新を管理し、ユーザーベース全体を新しいバージョンに適宜、確実に移行するためには、この必須更新機能が重要になります。

この記載から、企業向けシステムに必要な機能が二つ読みとれました。

• アプリケーション開発者が、いつでも更新できる。(稼働中でも)
• ユーザーが利用可能な更新を無視できないようにすることも可能

これで、複数のバージョンが混在することによって、入力がおかしくなると言うことは無くなりますね。

01/18 追記
10 行でズバリ !! ClickOnce (C#)
にズバリそのもののコードがありました。
必要な方は、掲載記事を見て実行してみてはどうでしょうか？