ゼネピックかなり不具合が多いですね。未だにβテスト時代からあるものもあります。
軽微なものから仕様に差し障りがあるものまでいろいろですが、大元の仕様に問題があるのも多そうです。

今思いつく不具合を列挙してみたいと思います。

1. 入力カーソルが予想しないタイミングで移動する
2. サーバと同期できていない
3. マップ間移動時に固まる
4. キャラクタ/モンスターがいるのに見えない
5. 見えないはずの位置にいるキャラクタのIDが表示される
6. ファンクションキーのキー状態の取得がリアルタイムでない
7. アイテムのグラフィックが適正でない
8. マウスカーソルアイコンが適正でないときがある
9. キャラクターのグラフィックが適正でないときがある

入力カーソルが予想しないタイミングで移動する

チャット欄に入力カーソル(Iバー)を置いておいて、他のキャラクター/モンスターを選択、フレンドのログインやマップ間移動などを行うと入力カーソルはどこかに移動してしまいます。
最初の2件については入力カーソルを保持しなくても良いオブジェクトが入力カーソルを受け取ってしまうことが問題です。ログインダイアログが入力フォーカスを受け取ってしまって入るんですね。マップ移動の際にはチャット欄が消えてしまうために、入力カーソルを維持できずに仕方なくフォームにカーソルが移っているものと思われます。これは最初の仕様がかなり大きく依存していると思われ、ゼネピックのサービス終了まで直らないものと推測されます。
かなり使いにくいんですがね。

サーバと同期できていない

画面が突然真っ暗になって、しばらくするとマップがスクロールしながら現在地まで表示される事を経験した方は居られませんか？また、街の中で急に浮いたグラフィックになった方はいませんか？
こうなると、その状態が解消されるまで何も出来ないので、その間に浮かないかかなり心配です。浮いたグラフィックになったときは、ショップに入ると解消されるという話を聞きました。この問題はサーバと同期できていないことですが、同期できなくなる原因にはインターネット回線品質にも問題があると考えています。このほか、サーバとクライアント非同期だと言うことはいろいろな問題を引き起こしています。海賊船などで大量のモンスターから襲われ逃げる際などに、キャラはセーフティゾーンにいるにもかかわらず、「ダメージを与えていないモンスターから攻撃を受ける」現象に遭遇したことはありませんか？あれはサーバ側ではキャラクターがセーフティゾーンにいないからです。他にも、移動中にスキルを使用すると後に下がろうとします。スキル使用した位置がサーバに送られるまでにクライアント側では移動しつづけ、サーバ側の位置情報とクライアント側のそれとの間に差が生じ、それを修正しようとする動作だと考えられます。

マップ間移動時に固まる

特に海賊船 火薬庫から海賊船 船倉に行くときに起こることが多いように思います。他には氷の迷宮に入る際などに起こっています。固まると強制終了→再起動が必要なのでその間浮いていないか気が気で無いですね。早く修正されることを期待しています。

キャラクタ/モンスターがいるのに見えない

図書館で良く発生しますね。くろねこは最近図書館に機会がかなり減ったのですが、それでもたまに行くとかなりの確率で遭遇します。見えてないモンスターに攻撃されたり、メンバが迷子になったと入らぬ時間を消費したり...これも早々に直して欲しいですね

ファンクションキーのキー状態の取得がリアルタイムでない

キーを押しっぱなしなどで狩りをする方って居られると思います。その中で詠唱時間がほとんどないホーリークラッシュ/オーラーブレードなど(クールタイム適用前のエクスチェンジも)を使われる方も居られると思います。
キーを長押ししてると、そのときキーを押していなくてもスキルを使用してしまいます。 (オーラーブレードは上書き確認ダイアログを表示するように設定していても、ダイアログが出るまでの間にもう一度唱えることが出来ます。) これはキーバッファにたまったキーを見ているからだと思います。Windows API にはキー状態の取得方法として2とおりの方法を提供しているのですが、リアルタイムで取得できるものとそうでないものとあります。リアルタイムの方を使用していないのですね。

アイテムのグラフィックが適正でない

グローブなのにシューズの画像になっているアイテムがあったりします。くろねこが知っているのは店売りなので実害は少ないですけど、ドロップだととまどいますね。

マウスカーソルアイコンが適正でないときがある

アイテムをドラッグ中にマウスアイコンが変なアイコンになっているんです。
例えば装備欄のMLOT、からの装備欄からアイテム欄にドラッグすると、ファンシーのおもちゃ箱のアイコンが... 他には、雑貨屋の購入リストにミニポを登録して置いて、販売アイテム一覧の方に先ほどのミニポをドラッグすると、バターのアイコンが...なんて具合です。

キャラクターのグラフィックが適正でないときがある

これはスキル使用時に頭がはげたりするバグですね。いろんなところで紹介されているのでここで取り上げる必要もないでしょう。

他にも不具合で無いけど改善して欲しい項目は多岐にわたります。
・ゲームバランスのこと・MPKのこと・未実装といいながらゲームサーバに実装済みのスキル/アイテム

結構、運営の不作為による問題がかなり多いと思われます。
はやく修正しておくれ～^^;